El templo consta de tres naves a la misma altura donde se acentúan las connotaciones castellanas, utilizándose el estilo dórico en sus pilares.

La construcción de su capilla mayor es un ejemplo interesante de la compleja interrelación entre los modelos gótico y renacentista de la primera mitad del Quinientos, ya que aunque en principio se proyecta en estilo clasicista por Rodrigo de Gibaja en 1538, la necesidad de un ampliación inmediata hace que los canteros de la obra tengan que paralizarla, y entonces lo hagan dentro del sistema que conocían: el gótico.

En su interior destaca el busto titular de la iglesia, obra de José de Mora, espléndida escultura en madera en la que quedan magistralmente unidas la profunda y dramática expresividad del rostro con la extraordinaria calidad técnica de las formas. También existen otras interesantes muestras de imaginería y retablos pertenecientes a la escuela murciana de la primera mitad del siglo XVIII, concretamente al círculo de artífices lorquinos que igualmente trabajan en Huéscar. Aquí sobresale el retablo mayor y una pequeña Inmaculada del taller de Salzillo.